土壤消毒是克服茄子连作障碍的重要措施之一，消毒的方法可根据具体情况选择下列几种方法。

1、太阳能消毒。利用反光板的反射作用，将阳光反映或折射到地面上，以提高土壤温度。在棚内设反光板可使地表土壤温度达50℃，使地下20厘米处的温度达15-20℃，这样能大量消灭病菌、害虫（卵）等。

2、石灰消毒。在大棚休闲期抓紧清除前茬残留物，每亩施生石灰100-150公斤，在垄沟内铺稻草、玉米秸秆等1000-2000公斤，深翻两次将石灰和稻草翻入地下，一般埋入深度为30-40厘米，上面覆盖薄膜密闭，防止水分挥发散热和温度降低。从薄膜下灌水，至土壤充分湿润为止，田面不能积水。

3、高温消毒。密闭温室，使20厘米土层温度达40℃维持7天，或者使20厘米土层温度达37℃维持20天，能有效杀死土壤中的细菌、根结线虫等有害生物。消毒完成后耕翻，耕翻深度以30-40厘米为宜，以防土壤深层生物翻到地表，晾晒3-5天后播种或定植。

4、热水消毒。利用高温土壤热水消毒机产生的热水对土壤消毒，用高精度传感器控制热水温度，用循环泵使水温均匀，用耐 高温水管将92℃以上热水输送到需要消毒温室的栽培基质槽或栽培畦，这样可使20厘米土温在2小时左右升至50℃以上，并持续1-2小时。高温热水消毒处理，可杀灭土壤中大量根结线虫。

5、药剂消毒。利用各种化学药剂或生物药剂，通过喷淋、浇灌、拌土、熏蒸等方法消毒土壤。喷淋或浇灌是将药液喷淋于土壤表层或直接灌到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋和浇灌方法适宜于大田、育苗营养土、温室等 。主要药剂有甲醛、代森铵、波尔多液、二硫氨基甲烷等。甲醛对黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等 有较好的防效。代森铵可以防治黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病。波尔多液对黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等 有较好防效。二硫氰基甲烷对苗期猝倒病、立枯病、腐霉病以及青枯病有较好防效。毒土法是将药剂按一定比例与土混合配制成毒土施入土中，沟施、穴施和撒施均可。药剂可因地、因作物合理选用。熏蒸法是利用土壤注射器或土壤消毒机将药剂注入土中，在土表覆盖薄膜等覆盖物，并密闭或半密闭设施，使药物气体在土壤中扩散，杀死病菌。土壤熏蒸后，药物需充分散发才能播种，否则易产生药害。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、甲醛、氯化苦等。

6、实行轮作。避免茄子、西红柿、辣椒等 茄科作物在大棚内连作。因为好些茄子病害的病菌，除危害茄子外，还可危害番茄、辣椒、黄瓜、马铃薯、南瓜等作物。故有条件的可实行3年以上的轮作倒茬，如果实行水旱轮作效果更好。

7、嫁接换根育苗。用平茄作砧木，抗枯萎病，种子易发芽，嫁接成活率高，但需比接穗早播种7天左右，青枯病发生严重的田块不宜选用该品种作砧木。用刺茄作砧木高抗黄萎病（防效在93%以上），种子易发芽，较耐低温，适合作秋冬季温室嫁接栽培，需比接穗早播种5-20天（具体因当时气温而定）。用托鲁巴姆作砧木对枯萎病、黄萎病、青枯病、根结线虫病均能达到高抗或免疫的水平。但种子需催芽，并且需比接穗早播种25天。