一、不能破坏房屋原结构：

在种植菜园之前应先了解屋顶的承重荷载，不能盲目栽种。一般能上人的钢筋混凝土楼顶承重荷载为150公斤/平方米，松散的种植土每立方米重量在1吨-1吨半左右，也就是说，土层厚度达到15厘米左右便达到了屋顶荷载。吸收大量水份的泥土，增加了屋顶承重，影响结构。

二、防止屋顶漏水，做好排水系统：

屋顶种菜后，防水是一项不可忽视的问题。若在屋顶种植蔬菜，需要重新做防水层。一般老旧小区的防水层采用沥青铺设，十几年后便会老化，如果需要种植蔬菜，必须重新加新型防水材料做防水层。而新建小区一般使用新型材料进行防水，但仍然需要再加一层高分子建材，做双重保护。尽量用塑胶种植盆或陶瓷种植盆或其他容器代替泡沫箱。

由于浇灌菜地时会有大量的水注入，所以要事先做好排水系统，以防地上积水造成屋顶渗水。几乎任何类型的容器都可用来种菜，只要它足够坚固，能提供足够的空间和排水通道。除了传统的花盆、花槽等专业容器外，许多生活中的器物都可改造利用，如塑料盆、提桶、花箱、木箱、铝皮箱、食品罐等。但无论选用什么容器，都要保证底部有排水孔。

三、不能使用化学杀虫剂：

自家屋顶种菜，主要追求健康环保，所以不能使用对身体有害的化学杀虫剂。如果有虫害，可以采用生物杀虫的方法，比如：大蒜汁，辣椒水。

四、不用郊区或路边的土：

城里的废土和郊区农田土里面都有农药或重金属残留，用这样的土种出来的菜并不安全。

五、靠近马路有空气污染：

屋顶种菜还要考虑空气中的污染，如果楼高低于12米并靠马路边，就不适宜种菜，因为正处于汽车尾气及马路扬尘的覆盖范围。即使在小区内部或高楼顶，菜地里也最好施点硅肥，可以将重金属留在种植土内，不让植物吸收。