中亚地区的河流多为内流河，湖泊多为内流湖（咸水湖）。西部濒临世界上最大的湖泊，也是世界最大的内流湖——里海，中部有咸海等。中亚地区深居大陆内部，离海洋远，海洋上的湿润气流不易到达，降水稀少，大部分地区为干旱、半干旱气候，河流和湖泊的水量少，很难形成外流河和外流湖。

咸海锡尔河、阿姆河这两条大河最终注入中亚最大的湖泊──咸海。

咸海面积约6.4万平方公里，按面积来说，它是世界第四大湖，但由于过度滥用这两条大河的河水，咸海的水位已急剧下降，悲观者认为它将因水源枯竭而迅速消失，由此产生咸海生态危机。

伊塞克湖楚河灌溉着比什凯克附近的沃土，它与中亚最美丽的高山湖泊──伊塞克湖西岸仅3公里处擦肩而过。伊塞克湖为高山深水湖，已知最大深度为702米，在欧亚大陆的所有湖泊中仅次于贝加尔湖。伊塞克湖以其巨大的容水量影响着湖区的气候，它虽然高踞海拔1600米，但即使在隆冬也不结冻，因此又以“热海”闻名于世。巴尔喀什湖巴尔喀什湖面积1.7－2.2万平方公里，它的奇特景观是：西半部淡水，东半部咸水，其间仅有极窄的水道相通连。

流入巴尔喀什湖的至少有七条较大的河流，因此这一地区又被称作谢米列契（七河）地区。

中亚地区较大河流有阿姆河、锡尔河、伊犁河和塔里木河等，大部分发源于中亚高山，冰雪融水为主要水源。

阿姆河全长2540公里，流域面积46.5万平方公里，河口年平均流量1330立方米/秒；每年有两次汛期，一在春季4～5月，一在夏季6～7月，最高水位在夏季；12月至翌年2月下游结冻。短小的内陆河由于蒸发和灌溉，常在中途没于沙漠，如苏联哈萨克的楚河。沙漠边缘的内陆河水量很小，多为间歇河，只在春秋降雨时形成水流。在沙漠广布的内陆干旱地区，全年蒸发量大于降水量5～20倍，形成广大的无流区。

中亚地区主要有三大湖泊，从西向东依次为里海，咸海，巴尔喀什湖。原本三个湖泊大小排名是里海最大，咸海次之，巴尔喀什湖最小。但从上世纪60年代开始，位置和大小都居中的咸海湖面急速萎缩；

50年的时间了缩小了90%以上，相当于4个北京那么大的湖面消失了！6.8万平方公里的湖面蒸发了6万，仅存的面积不到巴尔喀什湖的一半。