常用的苦瓜嫁接用砧木主要有：(1)黑籽南瓜黑籽南瓜属半野生的葫芦科植物，与苦瓜的嫁接亲和性和共生性比较强，嫁接成活率一般达90%以上；与苦瓜的嫁接亲和性比较稳定，嫁接苗定植后生长稳定，不因环境变化而发生夭折，也不容易发生徒长，较容易进行管理；耐低温能力比较强，在地温降到10℃左右时或者气温降到6～10℃时，其根系仍保持着一定的吸收力，嫁接植株较少出现低温危害现象；高抗苦瓜枯萎病，对苦瓜根结线虫病也有较强的抗性；对苦瓜果实无不良影响。黑籽南瓜砧主要用于北方地区保护地苦瓜嫁接栽培。另外，金刚铁甲、全能铁甲、新土佐、勇士等南瓜砧木也可以用来与苦瓜进行嫁接。

（2）丝瓜丝瓜根系较苦瓜发达，再生能力和吸收能力强；高抗苦瓜枯萎病；与苦瓜的嫁接亲和性和共生性比较强，嫁接成活率一般达90%以上；与苦瓜的嫁接亲和性比较稳定，嫁接苗定植后生长稳定，不因环境变化而发生夭折，也不容易发生徒长，较容易进行管理；耐涝能力和耐阴能力较苦瓜强，适合进行泼浇施肥；对苦瓜果实无不良影响。丝瓜砧主要用于南方苦瓜栽培，专用砧木主要有双依，选用地方丝瓜品种作砧木时应先做嫁接栽培试验。

（3）威力由荷兰最新引进苦瓜专用嫁接砧木，具有控制拔节、抗病特强，特抗黄叶病、死棵病、病毒病等，（解决苦瓜砧木不耐涝、棵子早衰、产量低等众多缺点），产量特高品质特优，根系超级发达等众多优点，可增产30%左右。

（4）牵手抗丝瓜枯萎病，苦瓜专用根砧。

（5）双依苦瓜嫁接用，抗苦瓜枯萎病，与苦瓜亲和性良好，抗枯萎病，且耐根瘤线虫，苦瓜嫁接后生育强盛，结果早而多。