应在采收适期内，尽可能选晴天土壤干爽时进行。采收时用锄头挖掘，下锄要离百合主茎7～10厘米，不可太近或太远，如果太近容易损伤鳞茎，太远则采收效率不高。
百合挖掘出土后，要去除泥土，切除茎秆及其肉质须根（须根又称底根，若作鲜食，须根剪留长度不宜超过1厘米；若作种用，须根可留长一些，剪留2厘米即可），要注意轻拿轻放，按大小、优劣分别装箱。大鳞茎除直接销售外，还可加工成产品；小鳞茎作种用。
鲜百合应放在通风处短期摊放等待加工，切不可在阳光下长时间暴晒，以免鳞茎外层鳞片干缩变红，影响品质。对直接摊放在室内地面的百合，严禁踩踏，同时摊放厚度不能过厚，一般摊放3层即可。
准备好工具——使用锋利的剪刀或修剪刀是最好的选择。确保剪刀或修剪刀干净，以避免传播病菌。
确认花的状态——在摘除花朵之前，要确认花朵已经完全凋谢并且没有新的花蕾。
裁剪枝条——将百合花枝条裁剪至离地面约10-15cm的位置。使用修剪刀或锯子剪取，确保不伤及植物的茎干。
处理剩余部分——将剪下的枝条和凋谢花朵放入垃圾袋里，这不仅能保持花园干净整洁，而且有助于防止病菌传播。
护理植物——摘除百合花后，要给百合花适当的营养和水分。施肥或喷水可为其提供所需的养分。
