南京的军校中，以下几个学校在考研方面具有较好的声誉和优势：

中国人民解放军陆军工程大学

学校简介：简称“陆军工程大学”，是一所教学研究型大学，办学历史悠久，地理位置优越，师资力量强大。以培养工程兵、步兵、炮兵等见长，特别是在爆破方向号称军中“211”。

学科优势：在兵器科学与技术、土木工程等学科上排名全国前列。学校提供实战演练环境，有利于学生实践能力的培养。

录取难度：录取难度相对较低，大部分城市为本科一批次招生，少部分城市为本科二批。

中国人民解放军陆军指挥学院

学校简介：前身是高级步兵学校，现为中级指挥院校，历史悠久，师资力量雄厚。学校重视实战演练，培养了大量优秀的指挥军官。

学科优势：合同战术学为国家级重点学科，拥有多个博士学位和硕士学位授权一级学科。

录取特点：不对外招生，只招收已有军衔的人去进修，针对性较强。

中国人民解放军海军指挥学院

学校简介：海军最高学府，主要培养中高级指挥人才，毕业生大多成为海军指挥将领。

学科优势：重点学科包括海军战役学和海军合同战术学，实力强。

福利待遇：毕业生工作单位和环境非常好，福利待遇优越。

中国人民解放军国防科技大学

学校简介：中国军事教育领域的重点院校，以出色的教学质量和科研实力享有高声誉。学科设置广泛，特别是军事科学、信息与电子工程等领域。

专业优势：提供军事学、信息与通信工程、计算机科学与技术等专业，这些专业学术性强，与实际军事技术紧密相关。

研究生培养：重视研究生培养，提供丰富的学术资源、实践机会和项目，注重理论与实践相结合。

建议

如果你希望获得更好的学术氛围和科研机会，国防科技大学是一个非常好的选择，特别是其军事科学和信息与电子工程等专业在国内具有领先地位。

如果你希望成为一名优秀的指挥军官，陆军指挥学院和海军指挥学院都是理想的选择，特别是陆军指挥学院在实战演练方面具有明显优势，海军指挥学院则专注于海军指挥人才的培养。

如果你对工程兵和爆破方向感兴趣，陆军工程大学则是一个很好的选择，该学校在相关学科上有很高的声誉和实力。

综合考虑，选择哪所军校进行考研，建议根据个人兴趣、职业规划以及家庭背景等因素进行综合考虑。