目前养殖场畜禽粪便无害化处理的方法主要包括饲料化、肥料化、能源化等。
1、饲料化
粪便含有一定的营养成分，可作为饲料资源。在猪仔日粮中添加10%-20%的牛粪对猪仔无不良影响，随牛粪含量增加采食量下降。新鲜粪便中含有残留药物、病原菌、重金属等会影响动物健，用生物处理剂处理畜禽粪便后，各项卫生指标均符合国家有关饲料卫生标准，有效降低饲料成本10.31%-12.04%，饲料转化率提高3.73%-5.16%。
2、肥料化
畜禽粪便是传统的有机肥料。堆肥是粪便在微生物的作用下，使有机物矿质化、腐殖化和无害化而变成肥力更好的腐熟肥料的过程。在堆肥过程中，蛋白质中的氮磷被分解成可被植物利用的有效态氮、磷，且产生腐殖质，增加土壤肥力。堆肥能杀死畜禽粪便中的病原菌、杂草种子等，同时减少粪便体积和降低臭味，便于运输。
3、能源化
能源化是将畜禽粪便通过一定的技术方法转化为可利用的能源，包括燃烧产能、厌氧发酵产气等。畜禽粪便能源化也是一种经济有效的处理方法，但若操作不当，会引发环境问题。
以上几种粪便处理方法，其中肥料化和能源化是使用相对较多的。
畜禽粪尿的资源化、无害化处理和综合利用是今后畜禽粪尿处理的主要方向，也将对我国农业可持续发展和农产品产量质量提高及环境污染的治理起到良好作用。
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(一)粪便污染。目前畜禽养殖产生了大量粪便，畜禽粪便中含有大量氮、磷和有机污染物等。由于以往畜禽养殖场(户)环境意识差，畜禽粪便随意堆放，并随雨水进入水系。因此，畜禽粪便成为继工业污染、生活污水垃圾污染之后的第三大污染源，是造成农村环境污染的主要原因。
(二)水质污染。养殖场对水体的污染主要为有机物污染、微生物污染、有毒有害物污染。养殖污水不经过无害化处理直接排放到沟渠或者开放水域里，由于这些污水中氮(N)、磷(P)含量丰富，极易造成水体富营养化污。高浓度的污水排入河中，造成水质不断恶化。污水对周边农民的生产生活带来极大影响，有些已对集中饮用水源地构成严重威胁。
(三)大气污染。畜禽粪便经过发酵后会产生大量的氨氮、硫化氢、粪臭素、甲烷等有害气体，这些气体不但会破坏生态，而且还会直接影响人类健康。有害气体能进入呼吸道，引起咳嗽、气管炎和支气管炎等呼吸道疾病，不仅威胁着养殖场的安全，更危及养殖场员工和周边居民的身体健康。
(四)生物污染。粪便含有大量的病原微生物和寄生虫卵，如不及时处理就会孳生蚊蝇，使环境中病原种类增多、菌量增大，使病原菌和寄生虫蔓延，引起人畜共患病的发生，危害人畜健康。如近年来发生的禽流感、猪流感、手足口病等人畜共患疾病，与畜禽粪便污染造成的恶劣环境不无关系。
禽畜粪便也是一种重要的生物质能源。除在牧区有少量的直接燃烧外，禽畜粪便主要是作为沼气的发酵原料。中国主要的禽畜是鸡、猪和牛，根据这些禽畜品种、体重、粪便排泄量等因素，可以估算出粪便资源量。根据计算，目前我国禽畜粪便资源总量约8.5亿吨，折合7840多万吨标煤，其中牛粪5.78亿吨，4890万吨标煤，猪粪2.59亿吨，2230万吨标煤，鸡粪0.14亿吨，717万吨标煤。
在粪便资源中，大中型养殖场的粪便是更便于集中开发、规模化利用的。我国大中型牛、猪、鸡场约6000多家，每天排出粪尿及冲洗污水80多万吨，全国每年粪便污水资源量1.6亿吨，折合1157.5万吨标煤。
