差别不是很大，两所学校都是211工程院校，只是师资力量和专业学科不同，下面是两所学校的对比介绍：
一、师资力量：
1、福建师范大学：学校有1800多名专任教师，拥有加拿大皇家科学院院士1人，国际欧亚科学院院士1人，双聘院士3人，国家万人计划入选者9人，长江学者奖励计划特聘教授4人、青年学者3人。
2、福州大学：学校共有教职工3161人，专任教师2050人。共有省级以上高层次人才330人次，院士13人，国家杰出青年科学基金获得者8人。
二、教学建设：
1、福建师范大学：特色专业建设点10个，国家一流本科专业建设点18个，国家级精品课程、精品资源共享课程、精品视频公开课、双语教学示范课程28门次。
2、福州大学：拥有2个国家级人才培养基地、7个国家级实验教学示范中心、1个国家人才培养模式创新实验区、6个校企合作的国家工程实践教育中心、1个全国工程专业学位研究生联合培养示范基地、1个教育部首批“三全育人”综合改革试点院，1个国家教学团队。
